พระธาตุจอมแจ้งสร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ.1331 จุลศักราช 150 ปีจอ  เมื่อปี พ.ศ. 1900 พญาลิไท กษัตริย์กรุงสุโขทัย  ได้เดินทางมาทำการบรูณะปฏิสังขรณ์องค์พระธาตุ อุโบสถ กำแพง และบันไดนาคครั้งหนึ่ง

                    ในพ.ศ.2451 สิ่งก่อสร้างในวัดพระธาตุจอมแจ้งได้ชำรุดทรุดโทรมลง  พระครูพุทธวงศาจารย์ (ทองคำ) อดีตเจ้าคณะจังหวัดแพร่  พร้อมด้วยพระภิกษุ สามเณร ทุกวัด และ พระยาบุรีรัตน์ และคุณหญิงจันทร์คำ (แม่เจ้าคำ) ได้ร่วมกันทำการบูรณะปฏิสังขรณ์องค์พระธาตุ  บูรณะกำแพง  บันไดนาค ก่อสร้างศาลา  จนเสร็จเรียบร้อย จึงได้จัดงานบุญฉลองอย่างยิ่งใหญ่ โดยทำดอกไม้เพลิงขนาดใหญ่ เพื่อจุดเป็นพุทธบูชา แต่จุดได้ไม่นานจึงเกิดระเบิดขึ้น เสียงดังสนั่น สร้างความเสียหายให้กับบันไดนาค

       ตั้งแต่ปี พ.ศ.2505 เป็นต้นมา  พระครูอุดมขันติคุณ (บุญทัน อุตตโม) อดีตเจ้าอาวาสวัดพระธาตุจอมแจ้ง พร้อมด้วยพระภิกษุสามเณร ทายก ทายิกา ได้การบูรณะองค์พระธาตุ วิหาร ปิดทององค์พระประธาน  สร้างแท่นพระประธาน บูรณะบันไดนาค สร้างกุฏิ 2 หลัง สร้างศาลา 8 หลัง รือกำแพงเก่าแล้วสร้างใหม่ สร้างถนนคนกรีตในบริเวณวัด  สร้างซุ้มประตูวัด  ลาดยางถนนทางขึ้น ลาดยางบริเวณวัด ปั้นพระพุทธรูปต่างๆ สร้างห้องปฏิบัติธรรมกัมมัฏฐาน สร้างหลวงพ่อทันใจ ทำบุษบก สร้างพระยืนสูง 11 ม. สร้างรูปปั้นจำลองสวรรค์ นรก เปรต อสูรกาย สร้างอุโบสถ ขยายเขต ติดตั้งไฟฟ้า ติดตั้งประปา สร้างพระสังกัจจายน์ วาดภาพพุทธประวัติ สร้างซุ้มประตูวัดเข้าพระธาตุ สร้างรั้วรอบพระธาตุ สร้างพิพิธภัณฑ์ สร้างรั้ว บริเวณจัดงานนมัสการพระธาตุ สร้างห้องสมุด และขุดสระเก็บน้ำไว้ใช้ในฤดูแล้ง

             พ.ศ.2508 พระครูอุดมขันติคุณ เจ้าอาวาสพร้อมด้วยคณะสงฆ์ สามเณร ทายก ทายิกา ทั้งหลายได้พร้อมใจกันทำการปฏิสังขรณ์องค์พระธาตุอีกครั้งหนึ่ง มีศรัทธานายสิงคาร นางศรีเพรา วัฒนสมบัติ มีจิตศรัทธารับเอาเศวตฉัตร(ยอดพระธาตุ)ไปซ่อมแซม ลงรักปิกทองใหม่ ทำพิธียกฉัตรในวันวิสาขบูชาเดือน 8 เหนือ ขึ้น 15 ค่ำ ปีมะเส็ง

              พ.ศ. 2523  กรมการศาสนาได้มีหนังสือรับรองสภาพวัดไว้ว่า วัดพระธาตุจอมแจ้งได้ก่อสร้างมานานก่อนพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พุทธศักราช 2489 และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา มีอุโบสถเป็นที่ทำสังฆกรรมมาจนถึงปัจจุบัน  โดยมีคณะผู้ปกครองฝ่ายสงฆ์ได้ดูแลตลอดมา โดยหนังสือกรมการศาสนาที่ ศธ.0405/5843 ขอรับรองว่า วัดพระธาตุจอมแจ้งเป็นวัดที่สมบูรณ์ตามมาตรา 31 แห่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ 2505 ลงวันที่ 22 พ.ศ.2523

             พ.ศ. 2525 กรมศิลปากร ได้ทำการบูรณะเจดีย์นางแก๋ว นางแมน ที่หักอีกครั้งหนึ่ง

             พ.ศ.2554 จนถึงปัจจุบัน พระครูสุจินต์รัตนาธิมุต (สมคิด ปริสุทโธ) ได้ทำการรื้อสิ่งก่อสร้างต่างๆ ที่ทรุดโทรม โดยก่อสร้างขึ้นใหม่ มีการวางแผนกำหนดแบบแปลน สร้างกุฏิ อาคารพิพิธภัณฑ์ ศาลา ห้องน้ำ รือกำแพงเก่าปรับปรุงสร้างใหม่ ทำถนนคนกรีตทั้งหมด สร้างรั้วลวดหนามรอบๆเขตวัด ขยายไฟฟ้า ติดตั้งโคมไฟถนน ประปา ปรับภูมิทัศน์ภายในวัด และปลูกไม้ต่างๆ ภายในวัด  เช่น ต้นสัก ตะเคียน ยางนา หวาย บุนนาค ต้นตาล ต้นลาน สาละอินเดีย ผักหวานป่า และกาแฟ